Abbesses, Abbaye de Baume-les-Dames
Élisabeth, abbesse vers 1034.
Adèle, abbesse vers 1065. Elle conclut un traité avec Guichard, doyen de l'église de Saint-Paul, par lequel ils convenaient que si des serfs de leurs deux monastères se mariaient leurs enfants seraient partagés entre les deux communautés.
Adeline, abbesse en 1117.
Étiennette de Bourgogne, abbesse en 1119.
Sibile, abbesse citée dans une charte d'Humbert de Besançon en 1147. Elle obtint successivement des papes Innocent II et Célestin II le renouvellement des privilèges de la communauté.
Etiennette de Bourgogne, en 1162. Demanda l'arbitrage de l'empereur Frédéric Barberousse, comte de Bourgogne au sujet d'un grave litige qui l'opposait au prévôt de Mathay. Le pape Lucius III lui ordonna que le monastère se plie aux règles de vie de saint-Benoit.
Stéphanie/Étiennette de Montfaucon.
Clémence de Bourgogne, en 1204. Elle quitte la vie monastique en 1212 pour épouser Berthold VI, duc de Zeringen.
Blandine de Châlon, en 1218. Elle serait la fille naturelle du comte de Bourgogne. Elle obtiendra de l'archevêque Nicolas de Flavigny le patronage des églises de Sainte-Marie-en-Châtel.
Nicole de Roche, en 1266. Elle échange avec Thièbaud de Rougemont ses biens de Chassey contre la seigneurie de Trouvans. Elle obtint de Henri de Saint-Léger, curé de Villers-le-Sec ce qu'il tenait de ses ancêtres au lieu-dit Saint-Léger et où les abbesses en firent une vigne.
Béatrix I de Bourgogne, en 1276. Le comte palatin Philippe et Alix, sa femme, confirment la cession des battoirs de Pont-les-Moulins que le comte Hugues avait fait à l'abbaye en 1256. Elle confirme la prise du fief de Baume-les-Dames par les sires de Neuchâtel.
Béatrix II de Cromari, en 1313.
Sibilette de Vaivre, de 1326 à 1355. Elle dut ouvrir la grande salle de l'abbaye au séance du parlement de Bourgogne.
Alix I de Montbazon, de 1355 à 1374. Elle fut élue avec l'appui de Thiébaud de Neuchâtel. celui-ci se présenta au milieu des religieuses et réclama l'honneur d'être le garant de la tranquillité de l'élection par ainsi comme mes pères et devanciers l'ont eu et en ont usey toutesfoys que le cas est relvenu, paisiblement et si longtemps qu'il y a mémoire du contraire. Comme tout le monde hésitait sur la validité de la procédure il soumit son droit à l'arbitrage d'un ensemble de prêtres et de chevaliers qui tous acquiescèrent et proclamèrent Monseignour de nuefchastel, vicomte de bame, et qui a voix en cestuy chapitre à élection faire d'abbasse de son droit et anciennetey, que chacun se restrayeariers jusques élection d'abasse soit faite par le dit Monseignour de Nuefchastel et les Dames qui sont en cestuy chapitre.
Louise de Châlon, de 1375 à 1388. Fille du comte d'Auxerre elle fut déposée par Guillaume, archevêque de Besançon, à cause de sa mauvaise administration.
Isabelle de Maisonval, de 1388 à 1418. Décédera en 1423. Elle fera exempter des tailles ses fidèles en 1405. Le pont sur le Doubs ayant été détruit par des crues importante, les habitants en cèdent les droits à l'abbaye en échange de sa réfection et de son entretien.
Jeanne I de Salins, de 1423 à 1440.
Marguerite I de Salins, de 1440 à 1458.
Agnès de Ray, décédée de 1458 à 1475.
Douce de la Rochelle, en 1475 à 1476.
Alix II de Montmartin, de 1476 à 1484. Elle fait déposé à Besançon les chartes de l'abbaye.
Catherine de Neuchâtel, en 1493.